إن مجلس أمناء مدرسة مرجعيون الوطنية هو السلطة الأعلى في المدرسة، حيث أنه يحدد سياستها العامة ويحرص على التزامها المبادئ التي أسست عليها علما أن أعضاء المجلس يختارون عموما من بين خريجي المدرسة المجلين في حقول اختصاصهم.

أعضاء مجلس الأمناء:

السيد سيسل الحوراني رئيس فخري

السيد نبيل رحال عضو فخري

الهيئة الإدارية:

الدكتور مراد جرداق رئيس

السيد مكرم غلمية نائب رئيس

السيد يعقوب ندى  أمين صندوق

السيدة هالة بيوض سكاف  مدير مسؤول

العميد إدمون خوري أمين سر

الأعضاء:

الدكتور عدنان عودة

الدكتورة ليلى فرهود

السيد حسين العبدالله

السيدة زلفا حوراني

الدكتور منير راشد

السيد ياسر عكاوي

الدكتور صوما بو جودة

الدكتور زاهي رمضان

الدكتور غسان ذيبة

السيدة كارلا مهنا

السيدة جيني جبارة